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中国农科院:全球首个作物黄萎病菌资源和基因组数据库上线

2020-11-17 14:02 | 作者: 澎湃新闻 | 标签: 中国农科院

澎湃新闻记者从中国农业科学院获悉,近日,中国农科院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的“全球黄萎病菌基因组研究”计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)并正式上线(https://db.cngb.org/Verticilli-Omics )。

用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序基因组可视化展示、数据挖掘和分析等工作。

大丽轮枝菌是一种毁灭性的土传维管束病原真菌,曾与马铃薯晚疫病病原并列为世界头号检疫对象,寄主广泛,年均损失近百亿美元。而该病原难以防控的重要原因是种群结构复杂,农业生产实践中缺少分子流行检测技术。

针对这一难题,中国农科院作物黄萎病研究团队联合国内外16家单位开展协同攻关,构建了迄今为止来源国家和寄主最为系统、基因型最为全面的菌种资源库,发起了“全球黄萎病菌基因组研究”计划。据介绍,目前已完成了159株大丽轮枝菌全基因组及3624株基因组重测序工作,搭建了Verticilli-Omics数据库1.0版本并开始线上运行。

Verticilli-Omics数据库1.0版本优先释放了菌种资源和全基因组数据。菌种资源数据库收录了来源10个国家26个寄主共8102份黄萎病菌菌种资源,为迄今为止遗传多样性最丰富的菌种资源数据库;全基因组数据库释放了159个大丽轮枝菌全基因组数据,占目前已释放大丽轮枝菌基因组总数的85%;搭建了基因组可视化、基因组注释信息、基因功能检索、基因组家族聚类、基因比对、基因多样性鉴定、致病相关基因富集等检索和分析通道。

研究团队目前还在搭建Verticilli-Omics数据库2.0版本,主要展示全球大丽轮枝菌遗传变异组数据。

研究团队认为,Verticilli-Omics数据库在线将为作物黄萎病研究领域提供重要的数据资源和共享服务,同时也为合作团队后续构建全球大丽轮枝菌种群结构参考“基线”并阐明其演化机制、建立完善的种群分子流行监测技术体系提供重要支撑。

来源:澎湃新闻

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